Trải qua hơn 20 năm hình thành và phát triển, tính đến nay, UEL có 2 đời Hiệu trưởng bao gồm PGS. TS Nguyễn Văn Luân (Nguyên Trưởng khoa Kinh tế - ĐHQG TPHCM, Hiệu trưởng UEL đời thứ nhất) trong giai đoạn 2000 - 2011 và PGS. TS Nguyễn Tiến Dũng trong giai đoạn 2011 - 2022.

Vào ngày 5/3/2022, tại Trường Đại học Khoa học Xã hội và Nhân văn (VNU HCMC-USSH), Hội đồng Đại học Quốc gia TP.HCM đã tổ chức Phiên họp thứ 15 khóa IV dưới sự chủ trì của Chủ tịch Hội đồng - PGS. TS Huỳnh Thành Đạt (Bộ trưởng Bộ Khoa học - Công nghệ, Nguyên Giám đốc Đại học Quốc gia TP.HCM). Thông qua kết quả lấy ý kiến và bỏ phiếu, Hội đồng đã thông qua Quyết định công nhận Chức danh Hiệu trưởng trường Đại học Kinh tế - Luật cho PGS. TS Hoàng Công Gia Khánh (Giảng viên khoa Tài chính - Ngân hàng UEL, hiện là Phó Hiệu trưởng nhà trường). PGS. TS Nguyễn Tiến Dũng được miễn nhiệm chức danh Hiệu trưởng do đã hết tuổi quản lý theo quy định. PGS. TS Huỳnh Thành Đạt - Chủ tịch Hội đồng chịu trách nhiệm tiến hành các bước tiếp theo để trình hồ sơ cho Thủ tướng - Chính phủ xem xét và đưa ra các quyết định Công nhận Chức danh theo quy định[6].